Skutkiem tego Weizsäcker został następcą Hansa-Jochena Vogla na stanowisku urzędującego burmistrza Berlina, który sprawował ten urząd tylko pół roku. Na początku stał na czele mniejszościowego senatu (berlińskiego odpowiednika rządu krajowego), ale po rozpadzie we wrześniu 1982 socjalliberalnej koalicji w Bonn zawiązał, w marcu 1983, koalicję z FDP.
W listopadzie 1983 został po raz drugi kandydatem CDU/CSU na urząd prezydenta RFN. W wyborach 23 maja 1984 Zgromadzenie Federalne wybrało go szóstym prezydentem Republiki Federalnej Niemiec. 1 lipca został, jako następca Karla Carstensa, zaprzysiężony na urząd.
Działalność społeczna Od 1964 do 1970 i 1979 do 1981 sprawował funkcję przewodniczącego Zgromadzeń Niemieckiego Kościoła Ewangelickiego (Deutscher Evangelischer Kirchentag, odbywających się co 2 lata), od 1967 do 1984 był oprócz tego członkiem Synodu oraz rady Kościoła Ewangelickiego w Niemczech.
Od 1994 był przewodniczącym koła dyskusyjnego „Bergedorfer Gesprächskreis” Fundacji Körbera oraz Fundacji Theodora Heussa. Od 2002 przynależał do kuratorium Centrum im.