Roderick MacKinnon (ur. 19 lutego 1956 w Burlington, Massachusetts, Stany Zjednoczone) – amerykański biochemik, laureat Nagrody Nobla w dziedzinie chemii w 2003 roku (razem z Peterem Agre).
Życiorys Roderick MacKinnon urodził się w 19 lutego 1956 roku w Burlington (stan Massachusetts). Był czwartym z siedmiorga dzieci urzędnika pocztowego i nauczycielki. Ojciec później ukończył studia i został programistą komputerowym.
MacKinnon początkowo studiował na University of Massachusetts Boston, po pierwszym roku przeniósł się na Uniwersytet Brandeisa, gdzie w 1978 roku uzyskał B.A. z biochemii, a następnie kształcił się w Szkole Medycyny na Tufts University. W 1982 roku uzyskał dyplom lekarza i przez kilka lat pracował w zawodzie. W latach 1982–1985 odbył staż w zakresie medycyny wewnętrznej w Beth Israel Hospital w Bostonie. W 1986 roku zdecydował się na powrót do pracy naukowej i rozpoczął staż podoktorski na Uniwersytecie Brandeisa. W 1989 roku przeniósł się na Uniwersytet Harvarda, a w 1996 roku na Uniwersytet Rockefellera, gdzie został profesorem i kierownikiem laboratorium. W 1997 roku uzyskał stanowisko badawcze w Instytucie Medycznym Howarda Hughesa.