Służba Po uzyskaniu gotowości operacyjnej Fliegerstaffel 17 i 18 pozostały w swoich bazach operacyjnych. Jedynie Fliegerstaffel 11 po otrzymaniu nowych myśliwców początkowo stacjonowała w Dübendorfie, ale po zamknięciu bazy dla odrzutowców w 2005 roku przeniesiono jednostkę do Meiringen. Jedynej bazy gdzie funkcjonują skalne tunele w których chowane są odrzutowce. W latach 2005–2009 system ten został znacznie rozbudowany i unowocześniony w celu obsługi samolotów. Charakterystyczny jest brak przydziału samolotów do poszczególnych jednostek, więc co za tym idzie brak jest oznaczeń eskadr.
W wyniku wypadków utracono dwie maszyny. Pierwsza katastrofa miała miejsce na początku eksploatacji, 7 kwietnia 1998 roku gdzie dwumiejscowy F/A-18D nr J-5231 wystartował do lotu treningowego z zamiarem przechwycenia drugiego Horneta. Wskutek mgły i opadu śniegu doprowadziło to do utraty orientacji i rozbicia samolotu w Crans-sur-Sierre. Obaj piloci mimo próby katapultowania się zginęli. Druga katastrofa miała miejsce 23 października 2013 roku kiedy F/A-18D nr J-5237 wystartował wraz z drugą maszyną na lot treningowy walki powietrznej. Załamanie pogody zmusiło samoloty do zawrócenia. Przy złej ocenie odległości do tego manewru samolot uderzył w górę Pilatus.