29 października 1956, w trakcie odwilży gomułkowskiej, Danek został pierwszym pochodzącym z wyboru rektorem krakowskiej WSP. Wiosną 1956 dał się poznać jako obrońca uczelni przed planami jej rozwiązania przez Ministerstwo Oświaty i przejęcia w okrojonej postaci przez UJ, a dzięki swej energii organizatorskiej został w folklorze WSP zapamiętany jako „Pierwszy Wielki Budowniczy”. Pełniąc urząd rektora, nie zgodził się na zwrot lokali należących do sióstr urszulanek, zabranych im przez państwo w okresie stalinizmu. Jednocześnie wymusił na KW PZPR decyzję o zaborze części budynku Seminarium Duchowego. W 1957 został członkiem Komisji Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego do spraw dydaktyki na studiach zaocznych. Zgodnie ze stanowiskiem Komitetu Uczelnianego PZPR w 1959 ponownie został rektorem WSP. W reakcji na list biskupów polskich do biskupów niemieckich angażował się w organizację masówek potępiających polski Episkopat. Sprzeciwiał się również udziałowi studentów WSP w pielgrzymce do Częstochowy z okazji milenium chrztu Polski. W 1967 został za zgodą władz PRL członkiem Komisji do Spraw Kształcenia Nauczycieli w Radzie Głównej Szkolnictwa Wyższego. W 1961 został profesorem uczelni, a w 1968 otrzymał od Rady Państwa nominację profesorską.