W 1895 Gauguin ponownie wyjechał na Tahiti. Jedynym jego kontaktem z Francją była teraz korespondencja prowadzona z Vollardem i Danielem de Monfreidem. Z braku pieniędzy zatrudniał się jako rysownik w biurze katastralnym w Papeete, gdzie rysował rośliny i przepisywał dokumenty. Zajął się również dziennikarstwem. Poznał Pahurę, młodą czternastoletnią dziewczynkę, która została jego modelką, a później urodziła ich syna.
Pod koniec życia Gauguin przeniósł się na Markizy do Atuona, na wyspie Hiva-Oa, gdzie kazał wybudować dom, który nazwał Domem Rozkoszy (Maison du Jouir). Zamieszkał tam z Marie Rose Vascho, czternastoletnią dziewczynką, z którą miał córkę. Za wystąpienie w obronie ludności tubylczej został skazany przez władze kolonialne na więzienie. Niedługo potem Gauguin zmarł na atak serca.
Latom spędzonym na wyspach sztuka Gauguina zawdzięcza większą intensywność i blask koloru oraz monumentalną prostotę kompozycji. To tam powstały największe arcydzieła tego okresu, w tym obraz Skąd przychodzimy? Kim jesteśmy? Dokąd zmierzamy?, który w 1898 staje się wydarzeniem sezonu w Paryżu, obecnie przechowywany w bostońskim Museum of Fine Arts.