Jako sekretarz generalny ONZ budził kontrowersje. Był krytykowany za niepowodzenie w działaniach ONZ na rzecz powstrzymania wojny domowej i ludobójstwa w Rwandzie, w 1994, gdzie zginęło ok. 800 tys. ludzi, aczkolwiek pierwotną przyczyną był brak dostatecznego wsparcia ze strony USA. Administracja Clintona, po doświadczeniach z Somalii, oświadczyła, że nie będzie brać udziału w akcjach pokojowych. ONZ nie była także w stanie powstrzymać przedłużającej się wojny domowej w Angoli, w tym samym roku, trwającej już po wyborach w tym kraju.
10 członków Rady Bezpieczeństwa ONZ, w tym trzech członków z Afryki (Egipt, Gwinea Bissau i Botswana), wystąpiło z rezolucją popierającą następną kadencję Butrusa Ghalego, do 2001, jednak Stany Zjednoczone zawetowały ten wybór, prawdopodobnie wskutek jego poparcia dla Palestyny. Poparcia nie udzieliły mu też Wielka Brytania, Polska, Korea Południowa i Włochy. Chociaż Butrus Ghali nie był pierwszym sekretarzem, który spotkał się z wetem, był pierwszym, który nie został wybrany na drugą kadencję.
W latach 1997–2002 był sekretarzem generalnym La Francophonie – organizacji krajów strefy języka francuskiego.
W latach 2002–2013 był dyrektorem egipskiej Narodowej Rady Praw Człowieka (ENCHR).