W 1645 rosyjskie wyprawy sięgnęły ujścia Amuru, w połowie XVII w. jeziora Bajkał (Irkuck 1652).
Konflikt z Buriatami i dotarcie do Bajkału Założony w 1631 roku Brack, stanowił zagrożenie dla interesów Buriatów. W roku 1635 udało im się wymordować załogę tego fortu, jednak w następnym roku Rosjanie przywrócili swoją obecność na tym obszarze. Po raz pierwszy nad Bajkał dotarł Kurbat Iwanow w roku 1643. Ekspansję rosyjską w basenie Amuru zahamował konflikt z Chinami zakończony w 1689 podpisaniem układu w Nerczyńsku. Dopiero postanowienia traktatów z Ajgun (obecnie Aihui) (1858) i Pekinu (1860) oddały Rosji zwierzchnictwo nad środkowym i dolnym biegiem Amuru i Ussuri.
W XIX w. granice Syberii powiększyły się wskutek ekspedycji: V. Beringa, J. Gmelina, G. Müllera, P. Pallasa, F. v. Wrangla.
Początkowo całością obszarów zauralskich administrowano bezpośrednio z Moskwy. 1708 utworzono gubernię syberyjską ze stolicą w Tobolsku, w 1764 powstały dwie gubernie (Tobolsk, Irkuck), a w 1897 cztery (Tobolsk, Irkuck, Tomsk, Jenisejsk).