Po ukończeniu studiów pracował na uniwersytetach: w Cambridge (1297-1300), Oksfordzie (1300–1302) i Paryżu (1302–1303). W 1303 roku został wydalony z Paryża za odmówienie poparcia królowi Filipowi IV w jego sporze z papieżem Bonifacym VIII. Przez następny rok ponownie wykładał w Oksfordzie, by w 1305 roku powrócić do Paryża. Wówczas uzyskał stopień doktora (na wniosek ówczesnego generała zakonu Gonsalvusa Hiszpana), a także został mistrzem regentem. W 1307 roku Gonsalvus przeniósł Szkota do Kolonii, gdzie mianował go Lector Principalis we franciszkańskim Studium Generalnym. Jan Duns zmarł tamże 8 listopada 1308 roku. Pochowany został w kolońskim kościele Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny na Kolpingplatz.
Poglądy i praca badawcza Jego filozoficzna synteza – zwana drogą Szkota – była dla średniowiecznego chrześcijaństwa alternatywna do dwóch spierających się szkół myślenia: platońsko-augustyńskiej i arystotelejsko-tomistycznej. Szkotyzm nie był do końca szkołą, lecz spekulatywną tendencją refleksji, będącą pod wpływem inicjatora oraz wyjaśniającą i uściślającą idee tego franciszkanina.
Logika Duns Szkot zauważył, że „z dwóch zdań sprzecznych wynika każde inne zdanie”.