Nagrody Żywioł Ognia 1993, nominacja do nagrody Comptona Crooka 1994, nominacja do nagrody Williama L. Crawforda Śmierć nekromanty 1998, nominacja do nagrody Nebula Wszystkie wskaźniki czerwone 2017, Nebula; 2018, Hugo za najlepsze opowiadanie Sztuczny stan 2019, Hugo; 2019, Locus za najlepsze opowiadanie Efekt sieci 2020, Nebula; 2021 Hugo, Locus za najlepszą powieść Pamiętniki Mordbota 2021, Hugo za najlepszą serię Zapaść systemu (2023) 2024, Locus za najlepszą powieść Witch King (2023) 2024, Locus za najlepszą powieść fantasy
W 2022 Martha Wells nie przyjęła nominacji do nagrody Nebula w kategorii opowiadanie za 2021 rok za Fugitive Telemetry, tłumacząc, że seria Pamiętniki Mordbota zdobyła już wcześniej dwie nagrody Nebula i że ustępuje miejsca innym pisarzom. Pisarka podobnie odrzuciła nominacje do Nebuli i nagrody Hugo w kategorii Powieść za Zapaść systemu w 2024.