Kenshin nie chciał stawać do walki przeciwko bratu, ale w końcu został przekonany, że jest to konieczne dla dobra prowincji Echigo. Po serii bitew pod własnym dowództwem i Sadamitsu Usami'ego przejął kontrolę nad klanem Harukage w 1547. Dalsze losy Harukage nie są jasne. Jedne źródła mówią, że pozwolono mu żyć, inne zaś, iż skazano go na karę śmierci.
Wczesne lata rządów Władza Kenshina nad klanem Nagao była niekwestionowana, ale większa część Echigo wciąż była niezależna od młodego wojownika.
Kenshin dążył do umocnienia swojej władzy w regionie, ale jego plany zostały wstrzymane. Nagatoki Ogasawara i Yoshikiyo Murakami, dwaj daimyō z prowincji Shinano, poprosiło Kenshina o pomoc w walce przeciwko Shingenowi Takedzie. W czasie, gdy Kenshin przejął władzę w Echigo, Shingen Takeda odniósł wiele zwycięstw w Shinano. Podboje rodu Takeda zagroziły pokojowi w Echigo, Kenshin zgodził się stanąć do walki.
Uesugi i Takeda Początkowo Kenshin i Shingen byli bardzo ostrożni, przez wiele lat nie doprowadzając do większych starć. Sytuacja zmieniła się podczas bitew na równinie Kawanakajima.
Byli wrogami przez około 14 lat. Darzyli się wzajemnie ogromnym szacunkiem. Shingen podarował Kenshinowi niezwykle cenny miecz, co ukazywało jego stosunek do przeciwnika.