Rośliny te zasiedlają gleby żyzne, średnio żyzne i ubogie, zasobne w związki azotu, obojętne do słabo kwaśnych lub słabo zasadowych. Skład mechaniczny i chemiczny gleb jest na różnych stanowiskach zróżnicowany. Stałą cechą siedlisk jest bliski neutralnego odczyn gleby i duża wilgotność (często jednak z poziomem wody znacznie obniżającym się w końcu lata). Siedliska gatunku są okresowo podtapiane lub przez dłuższy czas zalewane wodą. W szczególności preferowane są miejsca zalewane w okresie zimowym. O ile rośliny te dobrze znoszą zalewy zimowe, o tyle długotrwałe podtopienia w okresie letnim prowadzić mogą do zamierania roślin (rośliny giną zalane dłużej niż 56 dni lub wielokrotnie podtapiane przez krótsze okresy czasu). Rośliny te mogą znosić krótsze i rzadsze zalewy, tracąc korzenie i unosząc się na powierzchni wody. Rosnąc w wodzie pęczyna błotna jednak nie kwitnie. Podtopienia stanowisk tego gatunku w okresie letnim stymulują kiełkowanie nasion. Rośliny te zamierają jednak podlewane wodą zasoloną, choć czasem rosną na słabo zasalanych aluwiach nadmorskich.