Populacje pęczyny błotnej cechują się dużymi fluktuacjami liczebności osobników w zależności od panujących w danym czasie warunków wodnych lub innych oddziaływań, takich jak wypas. Na stanowiskach znajdujących się na pastwiskach rośliny mogą pozornie zanikać w okresach intensywnego żerowania krów, by w przerwach w wypasie szybko rekolonizować luki w darni. Istotne dla utrzymywania się pęczyny błotnej na pastwiskach są nagie płaty gleby odsłaniane w wyniku deptania wilgotnej gleby przez kopyta krów. Ze względu na długość rozłogów rośliny te korzystają z luk w darni powstających w odległości do 10–15 cm od nich. Dla utrzymania pęczyny na pastwiskach ważne jest występowanie wypasu z odpowiednią częstotliwością – zbyt rzadki wypas powoduje silny rozwój roślinności konkurującej z tym gatunkiem i w efekcie skutkuje jego ustępowaniem.
Genetyka Liczba chromosomów 2n=22. Stwierdzono małe zróżnicowanie genetyczne w obrębie populacji i w części nizinnej (północnej) Niemiec, podczas gdy na południu tego kraju (w Bawarii) zróżnicowanie między populacjami było nieco większe.
Ekologia thumb|Selery błotne na pastwisku nad jeziorem Miedwie w Polsce thumb|Selery błotne na nisko koszonym trawniku w Wiedniu