Jego ostatnim wyścigiem było Grand Prix Stanów Zjednoczonych na torze Watkins Glen w 1971.
W 1961 był jednym z założycieli Grand Prix Drivers' Association, stowarzyszenia kierowców Formuły 1, dbającego głównie o bezpieczeństwo na torze podczas wyścigów Grand Prix.
Samochody sportowe Mimo iż w latach 60. kariera Bonniera w Formule 1 uległa stopniowemu zatrzymaniu, równocześnie Szwed objawił się jako bardzo dobry kierowca samochodów sportowych. Reprezentował barwy największych zespołów fabrycznych, tj. Ferrari oraz Porsche.
W latach 1960 oraz 1963 zwyciężył w słynnym Targa Florio. W 1964 roku zajął drugie miejsce w 24-godzinnym wyścigu w Le Mans (partnerem w zespole Ferrari był Graham Hill), natomiast w 1966 wraz z Philem Hillem triumfował w wyścigu 1000 km Nürburgring za kierownicą Chaparrala.
Śmierć Bonnier zginął tragicznie podczas 24-godzinnego wyścigu w Le Mans w 1972 roku. Drugiego dnia zawodów, około godziny 8:30 rano, samochód Lola-Cosworth Szweda zderzył się na prostej Mulsanne z dublowanym Ferrari, prowadzonym przez Floriana Vetscha. Bonnier uderzył w barierę okalającą tor, przeleciał nad nią i rozbił się o drzewa.