W 1905 roku przeniósł się do Warszawy.
W okresie rewolucyjnym 1904–1906 wystąpił przeciw antyrosyjskiej akcji rewolucyjnej polskich socjalistów Uważał, że sprawy polskiej nie należało łączyć z interesem rosyjskich rewolucjonistów, których cel działania nie był zbieżny z ideą niepodległej Polski. W połowie maja 1904 roku Dmowski dotarł do Tokio, aby przekonać tamtejszy rząd, że polskie powstanie antyrosyjskie (propagowane przez Piłsudskiego) w Kongresówce byłoby dla Polaków szkodliwe, a Japończykom także by nie pomogło. W listopadzie 1905 roku Dmowski złożył rosyjskiemu premierowi Sergiuszowi Witte memoriał stwierdzający iż Narodowa Demokracja zobowiązuje się zdławić rewolucję i przywrócić porządek społeczny. Wysunięcie hasła autonomii w ramach monarchii rosyjskiej miało na uwadze zamanifestowanie wobec społeczeństwa polskiego, że endecja jako siła opozycyjna wobec rządu broni interesów ogólnonarodowych bez stosowania metod rewolucyjnych. Wobec caratu była to oferta zapewniająca gotowość do rozprawienia się z ruchem społecznym w Polsce w zamian za przyznanie Królestwu ograniczonej autonomii, samorządu wiejskiego i miejskiego oraz spolszczenia szkół i urzędów. Nie skorzystał z niej jednak rząd rosyjski.