Valido Po śmierci Filipa II, jego młody syn, który wstąpił na tron jako Filip III, powierzył ster rządów Gómezowi. Uczynił go ministrem, wicekrólem Portugalii (1598) oraz księciem Lerma (1599) i tym samym Grandem Hiszpanii (Grande de España), sam zaś oddawał się praktykom religijnym oraz polowaniom. Lerma stał się zaufanym, królewskim privado oraz „monarszym cieniem”. Filip III obdarzał go oraz jego rodzinę, a także faworytów faworyta wieloma beneficjami, wspomógł Lermę w jego wysiłkach u papieża by uczynić wuja, Bernardo de Sandoval y Rojas kardynałem, a także zezwolił mu na sygnowanie oficjalnych dokumentów państwowych i używanie pieczęci państwowej. Don Francisco miał tym samym pełną kontrolę nad królestwem i samodzielnie podejmował najważniejsze decyzje polityczne pomiędzy 1599 a 1618 roku.
By wyrwać Filipa III spod wpływów przebywających w Madrycie osobistości (zwłaszcza cesarzowej wdowy Marii Hiszpańskiej, kobiety niezwykle rozważnej i wpływowej, która była mniszką w klasztorze Descalzas Reales) nakłonił go do przeniesienia siedziby dworu do Valladolid (1601).