Szkoła z Edessy przeniosła się ponownie do perskiego Nisibisu.
Chociaż termin „nestorianie” był początkowo czysto teologicznym określeniem odnoszącym się do zwolenników doktryny, dość prędko wszystkie kościoły z nią powiązane zostały ochrzczone mianem „kościoła nestoriańskiego” bez uwagi na różnice. Choć na zachodzie używany lekceważąco w stosunku do Kościoła Wschodu, jako wywodzącego się z idei heretyckiej, uczeni od wieków średnich używali go w znaczeniu neutralnym i konwencjonalnym, jako określenia dla rytu wiary. Wśród innych określeń znaleźć można: „Kościół perski”, „syryjski” lub „syriacki” (często wyróżniany jako wschodni syryjski/ syriacki), a od XX wieku „asyryjski”.
W czasach współczesnych niektórzy uczeni starają się unikać powyższego określenia stosując raczej „Kościół Wschodu” lub jego zamienne. Wywołane jest to negatywnymi konotacjami oraz sugerowaniem powiązań z nestorianizmem głębszych niż faktycznie istniejące. Jak powiedzieli Wilhelm Baum i Dietmar Winkler: „Nestoriusz nie był nestorianinem” z punktu widzenia doktrynyW. Baum & D. Winkler, (2000, 2003 [tr.]) The Church of the East, London, RoutledgeCurzon, ss. 4-5.