W 1232 Lorsch straciło niezależność i przeszło w posiadanie elektoratu Moguncji, wiązało się to z utratą wielu przywilejów. Benedyktyni opuścili klasztor. Opactwo przejęli cystersi, których wkrótce zastąpili norbertanie (1248).
W 1461 Lorsch przeszło w posiadanie Palatynatu, który w 1556 wprowadził reformację i rozwiązał klasztor. Opuszczone opactwo popadało w ruinę. Ostatecznemu zniszczeniu uległo w czasie wojny trzydziestoletniej podczas wycofywania się wojsk hiszpańskich w 1621. Po wojnie dostało się ponownie we władanie książąt biskupów z Moguncji (niem. Kurmainz). Z bogatych zabudowań zachowała się jedynie brama z salą królewską (niem. Königshalle), uważana za najstarszą w pełni zachowaną budowlę kamienną w Niemczech z okresu porzymskiego.
Czasy nowożytne W 1803 Lorsch znalazło się na terytorium Hesji.
W XIX w. zaczęto prowadzić na terenie klasztoru pierwsze prace archeologiczne, których wyników nie publikowano. W latach 1927–1937 przeprowadzono trzy duże badania archeologiczne pod kierunkiem Friedricha Behna, które dostarczyły informacji na temat położenia i prawdopodobnego wyglądu poszczególnych