Kolejna wojna z zakonem, zwana wojną głodową, wybuchła w 1414 roku. W związku z przeciągającym się na jesieni tego roku oblężeniem Brodnicy, wojska polskie plądrowały okoliczne wsie i miasteczka, nie oszczędzając dóbr biskupich, w tym również i Wąbrzeźna. Tzw. wojna pruska z 1422 r. również nie oszczędziła miasta. W pierwszej połowie sierpnia tego roku wojska króla Polski zdobyły i spaliły miasto i zamek w Wąbrzeźnie, a następnie 15 sierpnia obległy i zdobyły Golub.
6 marca 1454 roku na mocy aktu inkorporacyjnego Prusy i ziemia chełmińska zostały przyłączona do Polski. 28 maja 1454 roku król Polski Kazimierz IV Jagiellończyk na rynku w Toruniu odebrał przysięgę wierności i hołd ziemi chełmińskiej. W akcie hołdowniczym wystawionym Kazimierzowi Jagiellończykowi przez przedstawicieli ziemi chełmińskiej wymieniona jest po raz pierwszy polska nazwa miasta. Trwająca 13 lat wojna wyniszczyła po raz kolejny ziemię chełmińską. W 1464 roku zaciężne wojska krzyżackie pod dowództwem Bernarda von Zinnenberg (Szumborskiego), po zdobyciu Golubia, udanym wypadem zajęły miasto i zamek w Wąbrzeźnie, a następnie je spaliły. Walki te zakończył II pokój toruński. W traktacie pokojowym z 19 października 1466 roku wymienione jest również Wąbrzeźno.