por. .
Szkoła, po zajęciu Nisibis przez Persów w 363 r., przeniosła się do Edessy. Blisko sto lat później, w okresie gorących dysput po Soborze efeskim (431), w 457 r. uczniowie Ibasa z Edessy zostali wydaleni z Edessy. Narsaj, który był wykładowcą szkoły od 437 r., w Nisibisie założył szkołę na nowo; miała ona charakter nestoriański. Cesarz Zenon, z powodu szerzenia poglądów nestoriańskich, ostatecznie zamknął szkołę w Edessie w 489 r.
W tym czasie szachowie perscy, widząc możliwość podporządkowania sobie chrześcijan mieszkających w Persji, zaczęli popierać rozwój nestorianizmu: przyjęli pod swoją opiekę nestorian uciekających z terytorium Rzymu (462), zgładzili prorzymskiego patriarchę Babeusza, w miejsce którego został wybrany nestorianin Barsauma, biskup Nisibisu (484). Zaakceptowali przeniesienie szkoły teologicznej z Edessy, zlikwidowanej przez cesarza Zenona.
W 484 i w 486, kolejne synody przyjęły chrystologię Teodora z Mopsuestii, co ostatecznie potwierdził patriarcha Babaj Wielki na kolejnym synodzie w 497. W ten sposób Kościół Wschodu przyjął doktrynę nestorianizmu. Do dziś jego doktorami i świętymi pozostają Teodor z Mopsuestii wraz z Nestoriuszem i Diodorem z Tarsu.