Roślinność Rzeźba wąwozu stwarza specyficzne warunki klimatyczne. Do głębokiego wąwozu o pionowych ścianach w wyniku inwersji temperatury napływa zimne powietrze. Dzięki temu na dnie wilgotnych i chłodnych dolin na poziomie około 150 m n.p.m. występują gatunki roślin zimnolubnych, a na wyżej położonych skałach wystających ponad las rosną podgórskie i górskie rośliny ciepłolubne. Występują tu fiołek dwukwiatowy, liczydło górskie, bażyna czarna, widłak wroniec, podrzeń żebrowiec oraz wiele gatunków paproci, mchów i porostów. W wyniku różnicy temperatury i wilgotności między dolinami w kanionach a powierzchniami położonymi wyżej dolin wystąpił podział drzewostanu i roślinności. W wyższych suchych i cieplejszych partiach występuje drzewostan sosny zwyczajnej z domieszką brzozy, jarzębu. W wilgotnych i chłodniejszych dolinach występują drzewa zimnolubne świerk, buk, klon i jawor. Resztki pierwotnego drzewostanu zachowały się na niedostępnych skałach.