Następnie wyjechał na Węgry, gdzie podjął się pracy duszpasterskiej w parafii starokatolickiej św. Augustyna w Budapeszcie. W tym czasie rozpoczął ponadto studia prawnicze na Uniwersytecie w Budapeszcie oraz został wykładowcą teologii w Seminarium Corneliusa Jansena w Budapeszcie.
W czasie II wojny światowej w latach 1942–1945 służył w armii węgierskiej. Po zakończeniu wojny powrócił do pracy duszpasterskiej.
W środowisku mariawickim dał się poznać jako szczególny czciciel Przenajświętszego Sakramentu oraz św. Marii Franciszki Kozłowskiej, której nauczanie propagował na Węgrzech.
Biskup na Węgrzech 10 września 1945 Tomasz Fehérváry został nominowany przez lokalny synod w Budapeszcie na biskupa. 11 listopada 1945 otrzymał w Płocku sakrę biskupią z rąk zwierzchnika Kościoła Starokatolickiego Mariawitów, Romana Jakuba Marii Próchniewskiego. W 1947 został wybrany arcybiskupem Kościoła Starokatolickiego na Węgrzech. W tym czasie Kościół posiadał piętnaście parafii i około dwóch tysięcy wiernych. Powołano również zgromadzenie zakonne - Zakon Port Royal.
W latach 1948–1956 wspólnota starokatolików węgierskich była prześladowana przez władze komunistyczne Węgier i zdelegalizowana.