Kariera Na szklanym ekranie zadebiutowała w wieku trzech lat, występując w reklamie telewizyjnej. Udzieliła się w blisko stu reklamachBarry Koltow, 11 lipca 1996. „TheFreeLibrary.com: Defining where ‘Harriet’ ends, Michelle Trachtenberg begins”. Dodano: 10 stycznia 2009 r.. Pierwszą rolą, w której była wymieniona z imienia i nazwiska, była postać Nony F. Mecklenberg, w którą aktorka wcielała się w latach 1994–1996, występując w serialu stacji Nickelodeon The Adventures of Pete and Pete. W tym samym czasie występowała jako Lily Montgomery w operze mydlanej Wszystkie moje dzieci (All My Children).
Filmową karierę rozpoczęła jako jedenastolatka, występując w tytułowej roli w filmie Harriet szpieg (Harriet the Spy, 1996). Następnie wystąpiła jako Maggie Parker w serialu science-fiction stacji CBS Meego, za który otrzymała pierwszą w swojej karierze nagrodę Young Artist Award. Jako Penny wystąpiła u boku Matthew Brodericka w kinowej adaptacji serialu Inspektor Gadget (1999) i tego samego roku wystąpiła w filmie Can’t Be Heaven. Latem 2000 roku otrzymała rolę Dawn Summers w popularnym serialu fantasy Buffy, postrach wampirów (Buffy the Vampire Slayers), w którą wcielała się aż do końca emisji w 2003 roku. W latach 2001–2003 była prowadzącą show stacji Discovery Kids pt. Truth or Scare.