W wyborach parlamentarnych w 2005 po raz czwarty uzyskał mandat poselski, tym razem w okręgu piotrkowskim.
Od 2005 thumb|Marek Jurek podczas spotkania z mieszkańcami Zagórza (2008) thumb|Marek Jurek podczas rozmowy o książce 100 godzin samotności albo rewolucja październikowa nad Wisłą (2024) 26 października 2005 został wybrany na funkcję marszałka Sejmu V kadencjiUchwała Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 26 października 2005 r. w sprawie wyboru Marszałka Sejmu ()., poparli go posłowie PiS, Samoobrony RP, Ligi Polskich Rodzin oraz Polskiego Stronnictwa Ludowego. Uzyskał 265 głosów, jego kontrkandydat z Platformy Obywatelskiej Bronisław Komorowski dostał 133 głosy. Jako marszałek odbył kilka wizyt zagranicznych, udał się m.in. do Wilna, Londynu, Berlina i Lwowa. 13 kwietnia 2007 po odrzuceniu przez Sejm projektu zmiany Konstytucji RP w tzw. sprawie ochrony życia poczętego zapowiedział, że podda pod głosowanie wniosek o odwołanie siebie z funkcji Marszałka Sejmu. 14 kwietnia tego samego roku zrezygnował również z członkostwa w PiS oraz wszelkich funkcji partyjnych. 27 kwietnia Sejm 402 głosami przyjął jego dymisję z funkcji marszałka.