Zjawisko to znajduje zastosowanie m.in. jako metoda badania interakcji między białkami. Eksperyment polega na wyznakowaniu dwóch różnych białek dwoma różnymi markerami fluorescencyjnymi - jeden z nich pełni rolę donora, drugi akceptora - każdy o innym widmie emisji i absorpcji (np. GFP - Green Fluorescent Protein i jego modyfikacja - BFP - Blue Fluorescent Protein), a następnie działaniu na mieszaninę białek światłem o długości fali odpowiadającej maksimum absorpcji donora i rejestrowaniu widma emisyjnego. Jeśli nastąpił wzrost intensywności emisji fali o długości odpowiadającej maksimum emisji akceptora, to oznacza, że odległość między wyznakowanymi białkami nie przekracza 10 nm, co wskazuje na zachodzenie między nimi interakcji. Podczas gdy znakowanie białek za pomocą organicznych barwników fluorescencyjnych wymaga kłopotliwych procesów oczyszczania, chemicznej modyfikacji i wewnątrzkomórkowej iniekcji białka, warianty GFP można łatwo przyłączyć do białka gospodarza poprzez inżynierię genetyczną.