Wieża nazywana później Złotą (Torre Dorada) lub Wysoką (Torre Alta), powstała w zachodnim narożniku pałacu w stylu określanym jako flamandzki, choć jedyne co można określić jako flamandzkie w architekturze tej budowli był materiał z jakiego została zbudowana. W Hiszpanii powszechnie stosowano jako materiał budowlany kamień lub wprowadzoną przez arabów cegłę adobe wytwarzaną z jasnej gliny. Z tych też materiałów zbudowany był Alkazar, natomiast Złota Wieża powstała z ciemnej cegły wytwarzanej według receptury krajów północy. Również jej architektura była nowatorska, choć nawiązywała do strzelistych katedr Flandrii była rozwiązaniem hiszpańskim. Juan Bautista de Toledo przebudował także najstarsze partie budowli i niektóre sale oraz podwyższył galerie.
W 1609 na polecenie króla Filipa III architekt Francisco de Mora rozpoczął przebudowę fasady głównej pałacu. Następnie kierownictwo prac przejął Juan Gómez de Mora (1610). Podjęto budowę rozległej fasady zabudowując przestrzeń pomiędzy dwoma kwadratowymi wieżami z XV w. i Złotą Wieżą z wieku XVI.
thumb|Infantka Małgorzata w Wielkiej Sali (Sala Grande) Alkazaru