Jedynym sukcesem było wicemistrzostwo Portugalii w 1998 roku, a po dwóch latach Szkot został zwolniony, a wraz z nim z klubu odeszli inni Brytyjczycy.
Blackburn Rovers W 2000 roku Souness objął stanowisko menedżera Blackburn Rovers. Już w pierwszym sezonie wywalczył z tym klubem awans z First Division do Premiership. Jako beniaminek Blackburn zajęło 10. miejsce w lidze oraz wywalczyło Puchar Ligi Angielskiej, dzięki zwycięstwu 2:1 w finale z Tottenhamem Hotspur. W kolejnych dwóch sezonach Graeme nie osiągał już takich sukcesów z Rovers. W tym okresie zakupił takich zawodników jak Damien Duff, David Dunn, Matt Jansen, a także Andrew Cole, Brad Friedel, Dwight Yorke i Lucas Neill. Cole i Jansen byli zdobywcami goli we wspomnianym finale Pucharu Ligi. W sezonie 2003/2004 prowadził Blackburn w Pucharze UEFA i zajął 15. miejsce w lidze, przez większą część sezonu broniąc zespół przed spadkiem. W 2004 roku został zastąpiony na stanowisku przez Walijczyka Marka Hughesa.