Zakończył je po pięciu latach, zadowalając się minimalnymi ocenami – nie miał ochoty na karierę prawniczą, choć dzięki koneksjom rodziny i wrodzonej inteligencji mógłby w tej dziedzinie wiele osiągnąć. Choć Góngora niemal do końca życia związany był ze stanowiskami kościelnymi, trudno powiedzieć, by i tej dziedzinie poświęcał się w sposób należyty. Powszechnie znane były jego skłonności do hazardu oraz tauromachii (podówczas zabronionej klerykom). Karty nie tylko powodowały jego ustawiczne kłopoty finansowe, ale sprowadzały też nań gromy hierarchów Kościoła. W 1588 otrzymał nawet specjalne biskupie upomnienie. Powrócił do Kordowy i utrzymywał się z prebendy w miejscowej katedrze. O tym okresie jego życia wiadomo niewiele – na pewno kilkakrotnie wyjeżdżał poza miasto, wysyłany przez kapitułę m.in. do Galicji, Nawarry i obu Kastylii.