We wrześniu 1684 został sekretarzem stanu północnego departamentu Baronem Godolphin of Rialton, i lordem skarbu, a także szambelanem królowej Marii Modeńskiej, a w końcu tak jak Rochester i Sunderland odzyskał fawory i wpływy w pełni.
W roku 1688 negocjował z pretendentem protestanckim Wilhelmem III Orańskim, tak jak markiz Halifax i hrabia Nottingham, w imieniu Jakuba II. Po wstąpieniu Wilhelma na tron, zachował drobne stanowisko w ministerstwie skarbowym.
1690–1712 W marcu 1690 roku Godolphin przeszedł na emeryturę, lecz jeszcze w tym samym roku poproszono go o ponowne objęcie stanowiska Lorda Skarbu.
Od tego momentu on i wódz John Churchill, 1. książę Marlborough, sekretnie korespondowali z Jakubem we Francji. Torys Godolphin uwielbiał żonę Jakuba. Po wyjściu na jaw spisku Fenwicka w 1696 roku przeciw królowi Wilhelmowi, zrezygnował ze służby, lecz już w 1700 Torysi wygrali wybory i odzyskał swój urząd. Gdy rządziła Anna Stuart, jego dobrym duchem był faworyt królowej książę Marlborough, mimo iż Wig. W grudniu roku 1706 został hrabią.
Utrata wpływów przez Marlborougha, pociągnęła za sobą dymisję Godolphina (7 sierpnia 1710 roku). Jego sprawie zaszkodziła mowa, którą wygłosił torys Henry Sacheverell i porównał Godolphina do szekspirowskiego negatywnego bohatera Volpone'a.