Od Grupy Golicy Małe Pieniny oddzielają dolina Leśnego Potoku i Przełęcz pod Tokarnią, od Magury Spiskiej dolina potoku Lipnik, Stráňanské sedlo i dolina potoku Kamienka.
Fizjografia Pasmo to charakteryzują duże wysokości względne, średnio wynoszą one 300 m, ale dochodzą do 500 m. Najwyższym szczytem, będącym jednocześnie najwyższym w całych Pieninach, są Wysokie Skałki, zwane też Wysoką (1052 m). Występuje tu wiele wapiennych wzniesień o ostro zarysowanych kształtach i gołych ścianach: (Bystrzyk, Łaźne Skały, Rabsztyn i in.), we wschodniej części ten skalisty charakter stopniowo się zatraca i szczyty zaczynają swoim wyglądem przypominać typowe wzniesienia Beskidów. Stoki południowe są bardziej strome od północnych, te zaś porozcinane są dolinami, które są szerokie w swoim obszarze źródliskowym, wąskie natomiast u wylotu. Cieki wodne tworzą gęstą sieć (3,15 km/km²). Głównymi rzekami i potokami odwadniającymi to pasmo po zachodniej stronie są: Grajcarek, Leśny Potok i Lipnik, wszystkie uchodzą do Dunajca. Wschodnią, słowacką część odwadniają potoki Kamienka i Wielki Lipnik znajdujące się w zlewni Popradu.