Kolejne przenosiny miały miejsce gdy Francis miał 15 lat, w 1749 Marionowie przenieśli się do parafii St.John, hrabstwa Berkeley w Karolinie Południowej.
Żeglarz Zauroczony statkami, które widywał w porcie w Georgetown, młody Francis oświadczył wkrótce rodzicom iż chce zostać żeglarzem i popłynąć w rejs na Karaiby. Rodzice zgodzili się z decyzją syna. Mieli nadzieję, że wyjście spod ich kurateli, zrobi z niego prawdziwego mężczyznę zarówno fizycznie jak i psychicznie.
Został szóstym członkiem załogi szkunera, który płynął do Indii Zachodnich. W rejsie powrotnym statek zderzył się z wielorybem. Uszkodzenie było na tyle poważne, że szkuner szybko zatonął i załoga nie zdążyła zabrać do łodzi ratunkowej wody i jedzenia. Po sześciu dniach pod tropikalnym słońcem, dwóch członków załogi zmarło. Następnego dnia szalupa dotarła do brzegu. Mimo przebytych trudów, Francis Marion wrócił do domu w lepszym zdrowiu, niż gdy opuszczał rodziców. Ten nieszczęśliwy rejs przyczynił się do decyzji o zakończeniu kariery żeglarskiej. Marion osiadł na farmie w okolicach Eutaw Springs w dole rzeki Santee.