Później poglądy Rodham zmieniły się pod wpływem wojny wietnamskiej i aktywności ruchu praw obywatelskich, więc ustąpiła ze swojej funkcji w republikańskiej młodzieżówce i w 1968 roku zaangażowała się w kampanię wyborczą demokraty Eugene’a McCarthy’ego.
W 1968 roku została wybrana na przewodniczącą samorządu studenckiego Wellesley College i pełniła tę funkcję do ukończenia studiów w 1969 roku. Po zamachu na Martina Luthera Kinga Juniora, Rodham zorganizowała dwudniowy strajk i przeciwstawiała się segregacji rasowej, starając się o rekrutację czarnoskórych studentów i wykładowców.
Aby pomóc Rodham zrozumieć zachodzącą w niej zmianę poglądów, profesor Alan Schechter przydzielił jej staż w kongresie w ramach programu Wellesley in Washington. Razem z kongresmenem Charlesem Goodellem miała pomóc Nelsonowi Rockefellerowi w prawyborczej kampanii prezydenckiej. Według relacji samej Hillary Clinton, w czasie konwencji krajowej Republikanów w Miami w 1968 roku poczuła rozczarowanie sposobem w jaki zwycięski kandydat, Richard Nixon, przedstawiał Rockefellera w swojej kampanii i ogólnie rasistowską atmosferą panującą w czasie całego wydarzenia. Tego samego roku opuściła Partię Republikańską. W 1969 roku ukończyła studia politologiczne, uzyskując bakalaureat i wydziałowe wyróżnienie.