Pomimo zakończenia sprawy nadal się nad nim znęcano. W wyniku pobicia kluczami przez strażnika więzienia w Białymstoku stracił zęby. Chociaż skazany był na dożywocie, przez 6 miesięcy siedział sam w celi śmierci, utrzymywany w przekonaniu, że czeka go wykonanie wyroku śmierci. Odrzucił propozycję wydania komendanta Okręgu NZW ppłk. Władysława Żwańskiego "Błękita" w zamian za ułaskawienie. Wreszcie upozorowano wykonanie wyroku śmierci - został wyprowadzony przed pluton egzekucyjny, który strzelał ślepymi nabojami. Po tym wydarzeniu osiwiał. (zob. Syndrom Marii Antoniny) Naczelnik więzienia oświadczył wówczas, że Bierzyński został ułaskawiony i karę śmierci zamieniono mu na karę dożywotniego więzienia, co również nie odpowiadało prawdzie. W więzieniu we Wronkach 3 lata przebywał w izolatce bez prawa do spacerów i książek. Spał na betonowej posadzce. Wielokrotnie zmieniał więzienia. W 1955 przewieziony do Sosnowca, w sierpniu 1955 do Knurowa k. Stalinogrodu (Katowice), miesiąc później do Strzelec Opolskich. Zwolniony z więzienia w Sztumie 26 maja 1956 w wyniku zastosowania przez SW w Białymstoku amnestii.