Równolegle z działalnością na ATK spełniał obowiązki kapłańskie w swojej archidiecezji, m.in. jako sędzia prosynodalny we Wrocławiu (1978–1988).

Był także adiunktem na Papieskim Fakultecie Teologicznym we Wrocławiu (1980–1986).

Wykładał historię Kościoła na Uniwersytecie Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie, gdzie był kierownikiem Katedry Historii Nowożytnej na Wydziale Nauk Historycznych i Społecznych. W 2000 objął stanowisko profesora zwyczajnego UKSW. Został nauczycielem akademickim Politechniki Rzeszowskiej w Zakładzie Nauk Humanistycznych na Wydziale Zarządzania i Marketingu.

Wypromował ponad 60 doktorów.

Głównym tematem badawczym Józefa Mandziuka jest historia Kościoła na Śląsku ze szczególnym uwzględnieniem bibliofilstwa i bibliotekoznawstwa kościelnego. Był redaktorem naczelnym czasopisma „Saeculum Christianum”, w którym dominuje tematyka religijno-społeczna.

W 2015 otrzymał tytuł honorowego obywatela gminy Złoty Stok.