W latach 30. XX w. M. Seeler był zaangażowany w pracę na rzecz Żydowskiego Towarzystwa Kulturalnego „Zagłębie Ruhry” (niem.) „Rhein-Ruhr”. W tym czasie odbywał liczne podróże do Pragi i Wiednia, aby ponownie wrócić do Berlina. W listopadzie 1938 r. poeta został uwięziony przez nazistów i osadzony w obozie koncentracyjnym z uwagi na swoje żydowskie pochodzenie. Dzięki staraniom swoich przyjaciół – po kilku tygodniach przymusowego aresztu i pracy został uwolniony. M. Seeler posiadał administracyjny zakaz pobytu czasowego i stałego w Berlinie. Do 1942 r. ukrywał się w berlińskich mieszkaniach, m.in. przy Mommsenstraße 53 i Joachimsthaler Straße 15. Pomoc poecie okazali: Izolda Kauffmann i Michael Piel (tancerze Opery Państwowej) oraz pisarz August Scholtis.
Ponownie aresztowany został skierowany do prac przy przeładunku węgla. 15 sierpnia 1942 r. został deportowany do jednego z trzech gett w Rydze (Łotwa). Prawdopodobnie został zamordowany w obozie koncentracyjnym w Theresienstadt (Protektorat Czech i Moraw) – 8 września 1942 r., gdzie został przeniesiony, choć istnieje pogląd, że mord nastąpił w ryskim getcie. W 1998 r. została wydana książka Güntera Elbina pt. Am Sonntag in die Matinee... (W niedzielny poranek...), poświęcona Morizowi Seelerowi.