Pracę społeczną Matusiaka przerwał wybuch II wojny światowej. Jako ochotnik brał udział w walkach obronnych kampanii wrześniowej prowadzonych przez 21 Dywizję Piechoty Górskiej (w randze kapitana) i przeszedł cały jej szlak bojowy. Po kapitulacji jednostki ewakuował się przez Rumunię na Cypr (tam utworzył szkołę dla dzieci polskich uchodźców wojennych), a dalej trafił do Syrii i Palestyny, gdzie przebywał do końca wojny. W Jerozolimie włączył się w działalność kulturalno-oświatową wśród tamtejszej Polonii, organizując m.in. chór, którego został dyrygentem.
thumb|Grób Klemensa Matusiaka mały|alt=Mieszcząca się na ścianie budynku czarna tablica z wizerunkiem Klemensa Matusiaka oraz jego krótkim biogramem.|Tablica upamiętniająca Klemensa Matusiaka, znajdująca się na budynku OSP w Bulowicach Po zakończeniu działań wojennych dotarł przez Egipt do Wielkiej Brytanii, gdzie przebywał do 1951. Następnie wyjechał do Stanów Zjednoczonych, gdzie pracował jako introligator w Chicago. Również tam udzielał się jako społecznik, pracując wśród miejscowej Polonii, szczególnie w „Kole Kęczan” i prasie polonijnej. W 1957 powrócił do Polski, osiedlając się w Bielsku-Białej, gdzie mieszkał do swojej śmierci.