W 1922 założył Związek Polaków w Niemczech. W latach 1922–1928 sprawował mandat posła na sejm Prus, wybrany z listy krajowej organizacji mniejszościowych, a w 1924 był współzałożycielem Związku Mniejszości Narodowych w Niemczech. Od 1929 mieszkał na stałe w Berlinie, w 1934 wycofał się z aktywnego udziału w życiu politycznym w związku z konfliktami w łonie mniejszości polskiej.
1 września 1939 został aresztowany i zesłany do obozu Sachsenhausen.
Po wojnie w 1945 Jan Baczewski został wybrany na burmistrza Dębna. W latach 1947–1952 sprawował funkcję posła na Sejm Ustawodawczy z ramienia Stronnictwa Ludowego, a później Zjednoczonego Stronnictwa Ludowego (z okręgu Szczecin). Zasiadał w Komisjach Spraw Zagranicznych oraz Ziem Odzyskanych i Repatriacji.
Zmarł 20 czerwca 1958, został pochowany w Alei Zasłużonych na cmentarzu w Olsztynie. Jest patronem Publicznej Szkoły Podstawowej SPSK w Gryźlinach. W 1961 zostały opublikowane Wspomnienia Warmiaka jego autorstwa.
Odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski.