Po zakończeniu II wojny światowej i przyłączeniu Śląska do Polski odtworzeniem archeologii we Wrocławiu zajął się krakowski archeolog Rudolf Jamka, który w maju 1945 r. przybył do Wrocławia i zajął się ratowaniem zbiorów archeologicznych po zniszczeniach wojennych. Powołał on na Uniwersytecie Wrocławskim Zakład Archeologii, przekształcony w 1947 roku w katedrę. Początkowo siedzibą katedry był budynek należący kiedyś do książąt piastowskich we Wrocławiu, mieszczący się przy ul. Szewskiej 36. W 1947 roku przeniosła się ona do dawnego pałacu Hornesów przy ul. Szewskiej 48. W 1950 roku prof. Jamka przeniósł się na Uniwersytet Jagielloński w Krakowie, a jego dzieło kontynuowali profesorowie: Edmund Mulanda i Kazimierz Majewski. W latach 50. XX wieku nastąpiła stabilizacja i dalsza rozbudowa wrocławskiej archeologii za sprawą działalności naukowo-dydaktycznej małżeństwa Hołubowiczów, której ukoronowaniem było przekształcenie blisko 50 lat później w 2000 roku katedry w Instytut Archeologii.
Władze Instytutu (od 2024) Dyrektor: prof. dr hab. Mirosław Masojć Zastępca Dyrektora ds. dydaktyki: dr Marcin Bohr Zastępca Dyrektora ds. badań naukowych: dr Mirosław Furmanek