W 1998 wydział został zintegrowany z Uniwersytetem im. Adama Mickiewicza jako Wydział Teologiczny UAM. W obrębie uniwersytetu wydział zachował znaczną autonomię. Jako wydział teologiczny działający w uczelni państwowej w zakresie nauczania teologii katolickiej, nadzór nad nim zgodnie z ustawą o szkolnictwie wyższym. Funkcję reprezentującego Stolicę Apostolską Wielkiego Kanclerza, nadzorującego program nauczania teologii katolickiej oraz udzielającego osobom nauczającym misji kanonicznej, pełni arcybiskup poznański.
Wykładowcy
Władze W kadencji 2024–2028: Stanowisko Imię i nazwiskoWielki Kanclerz ks. abp dr Zbigniew ZielińskiDziekan ks. dr hab. Mieczysław PolakProdziekan ds. nauki i kontaktów z otoczeniem ks. dr hab. Maciej SzczepaniakProdziekan ds. rozwoju i współpracy międzynarodowej ks. dr hab. Dariusz KwiatkowskiProdziekan ds. studenckich i kształcenia ks. dr Przemysław Zgórecki
Poczet dziekanów Papieski Wydział Teologiczny 1974–1975: ks. Władysław Pawelczak 1975–1978: ks. Ludwik Wciórka 1978–1981: ks. Michał Peter 1981–1987: ks. Jan Kanty Pytel 1987–1990: 1990–1993: ks. Tadeusz Walachowicz 1993–1996: ks. Bogdan Częsz 1996–1998: ks. Tomasz Węcławski