Przebieg zdarzenia 24 listopada 1944 roku dyżurny ruchu w Wadowicach zawiadomił telefonicznie dyżurnego (Polaka) z Kalwarii Lanckorony (od 1992 Kalwaria Zebrzydowska Lanckorona) o przejeździe transportu wojskowego, który miał najwyższe pierwszeństwo, a następnie odprawił ten pociąg z rozkazem „A”. Rozkaz ten oznaczał przejechanie całego, 17-kilometrowego odcinka bez zatrzymania. Według relacji Ignacego Wielgusa (wówczas dyżurny ruchu na stacji w Stroniu) dyżurny Kalwarii Lanckorony nie wpisał otrzymanego rozkazu do książki zapowiadania pociągów. Prawdopodobnie nie zablokował również bloku dania zgody. Następnie, z nieznanych przyczyn, na krótki czas opuścił nastawnię. Zawiadowca stacji (Niemiec), zastępując dyżurnego, odprawił pociąg pospieszny relacji Zakopane – Kraków, również z rozkazem „A” na szlak zajęty przez pociąg wojskowy. Wyprawienie pociągu osobowego również wymagało uzyskania bloku zgody od dyżurnego z Wadowic, jednak prawdopodobnie tego nie wykonano, lub wykonano niezgodnie z procedurami. Pociąg osobowy został skierowany drogą okrężną przez Wadowice i Spytkowice z powodu wysadzenia poprzedniej nocy przepustuWedług innej wersji, z powodu rozkręcenia szyn. pomiędzy Kalwarią a Skawiną przez partyzantów.