5 października 1992 roku zabrano wszystkie wagony ze stacji Brodnica Wąskotorowa i zdecydowano się zawiesić ruch na trasie Brodnica Wąskotorowa – Wąpielsk. W trakcie kampanii cukrowniczej 1992 wykorzystywano jeszcze kolejkę na trasie Ostrowite – Wąpielsk. Ostatni pociąg, z 24 wagonami buraków, przejechał po tym odcinku 14 listopada 1992 roku. W transporcie wewnętrznym wykorzystywano kolejkę jeszcze przez 6 lat, do 1998 roku. Wówczas sprzedano obie lokomotywy WLs150 na Bieszczadzką Kolej Leśną i rozebrano cały układ torowy stacji Ostrowite Cukrownia. Wpis do rejestru zabytków uchronił resztę linii przez rozbiórką, ale nie przed rozkradaniem. Z czasem linia zarosła, co utrudniło i w znacznym stopniu ukróciło ten proceder. Jednakże w 2011 roku linia została wykreślona z rejestru zabytków i rozebrano po 1700 mb toru w obie strony od stacji Wąpielsk. W sierpniu 2012 roku rozpoczęto całkowitą rozbiórkę linii i ukończono ją w połowie września.