W jaskini występują pająki sieciarze jaskiniowe, muchówki i motyle. Obserwowano kilka gatunków nietoperzy: podkowiec mały Rhinolophus hipposideros, gacek brunatny Plecotus auritus, nocek duży Myotis myotis i nocek Brandta Myotis brandtii.
Historia poznania Jaskinia nad Źródłem ze względu na trudny dostęp została odkryta dopiero 14 listopada 1946 roku przez K. Kowalskiego i S. Strawińskiego. Po raz pierwszy opisał ją Kazimierz Kowalski w 1951 r. W jej salce znalazł szkielet człowieka. Północno-zachodnią część odkryto w 1965 roku. Aktualną dokumentację jaskini opracował A. Górny w październiku 2009 r. Autorem planu jest M. Czepiel.
Jaskinia jest często odwiedzana przez grotołazów. 10 lutego 1990 roku w jaskini miał miejsce wypadek utknięcia w końcowym, skrajnie trudnym zacisku 19-letniego grotołaza z Zawiercia. Towarzysz poszkodowanego zaalarmował kolegów, a potem Grupę Tatrzańską GOPR. W wyniku akcji ratowniczej, w której uczestniczyło wielu znanych grotołazów z Krakowa, po użyciu wiertarki, młotków i przecinaków pechowiec został wyciągnięty po