Po zakończeniu montażu wszelkie ślady zostały zniszczone ogniem, a statek wyruszył w podwodny rejs.
Obserwacja Nautilusa i rejs „Abrahama Lincolna” thumb|Abraham Lincoln – okręt wysłany w celu rozpoznania i zniszczenia Nautilusa Jako pierwszy statek zauważył 20 lipca 1866 parowiec Gubernator Higginson, dwie mile na wschód od Australii, sądząc że napotkał nieznany gatunek ssaka morskiego. Trzy dni później zaobserwował go Krzysztof Kolumb, siedemset mil morskich dalej. Dwa tygodnie później statki Helvetia i Shannon zasygnalizowały sobie „potwora” pod 42°15' W. Osądzono jego długość na ok. 106 m. Następnie Nautilus zderzył się ze statkiem Etna. Stało się o nim głośno i rozprawiano o nim zarówno w prasie jak i w towarzystwie, a na jego temat powstało wiele artykułów wydanych przez czołowych naukowców. 5 marca 1867 Nautilus ciężko uszkodził statek Moravian płynący do Kanady, 13 kwietnia zaś, w okolicach przylądka Clear przypadkowo wydrążył dwumetrowej szerokości, trójkątną dziurę w Szkocji, okręcie należącym do Towarzystwa Cunarda. 2 lipca parowiec Linii San Francisco Tampico dostrzegł okręt kapitana Nemo na wodach północnego Pacyfiku. Jego śladem ruszył Abraham Lincoln kierowany przez kapitana Farraguta, na którego pokładzie byli m.in.