Działania wojsk niemieckich 17 września niemieckie lotnictwo przeprowadziło silne bombardowanie wyspy, kontynuując je przez kilka następnych dni. Myśliwce brytyjskie poniosły duże straty. 1 października alianci zaobserwowali koncentrację okrętów w portach Krety, w tym 7 okrętów transportowych i 3 niszczycieli, które następnie wypłynęły w kierunku południowo-wschodnim. W tej sytuacji na wyspę Kos przerzucono jeszcze kilkoma samolotami transportowymi więcej zaopatrzenia. Rankiem 3 października Niemcy rozpoczęli lądowanie na wyspie, głównie w rejonie Marmari i Tingachi na północy Kos oraz w Zatoce Camare w części południowo-zachodniej. Na południe i zachód od miejscowości Andimachia zostali zrzuceni spadochroniarze. W skład sił inwazyjnych wchodziła Grupa Bojowa z 22 Dywizji Piechoty z Krety wraz z lekkimi działami i samochodami pancernymi oraz oddziały specjalne brandenburczyków (1 kompania amfibijna i 15 kompania spadochronowa). Na ich czele stał gen. Friedrich-Wilhelm Müller. Lądowanie wspierały bombowce nurkujące Junkers Ju 87. W godzinach popołudniowych w centrum wyspy wylądowały nieduże grupy brandenburczyków. Do wieczora wojska niemieckie zajęły Antimachię. Dowództwo alianckie uznało sytuację za krytyczną. Wkrótce miasto i port Kos musiały opuścić wojska brytyjsko-włoskie.