Ordynacja szkolna służąca zaspokojeniu żywotnych potrzeb oświatowych warstw mieszczańskich była jednym z podstawowych dokumentów w kodeksie praw miejskich. Dokument określał ogólnie program nauczania, kwalifikacje i uposażenie roczne rektora. Utrzymanie szkoły finansowane było z fundacji Jana Tarnowskiego, wynagrodzenie rektora wypłacane było z kasy miejskiej. Rektor miał obowiązek opłacać swoich pomocników (lokata i kantora biegłego w śpiewie) ze swoich dochodówZygmunt Ruta – Nadanie dziesięcin przez hetmana Jana Tarnowskiego szkole w Tarnowie z 1559 roku [w:] Rocznik Naukowo-Dydaktyczny WSP w Krakowie, Prace historyczne VII, zeszyt 52, s. 107, Rok 1974. Inicjatywa oświatowa Jana Tarnowskiego, mająca za cel podniesienie poziomu nauczania, dała początek tarnowskiemu gimnazjum, szkole średniej o retoryczno-humanistycznym profilu nauczania.
W tym okresie na koszt ks. Marcina Łyczki, prepozyta kolegiaty tarnowskiej, wzniesiono murowany, piętrowy budynek szkolny. Wybudowano dom dla rektora, nazywany do dziś Scholasterią. Problem kwalifikacji kadry nauczycielskiej dla szkoły ważny stał się także dla duchowieństwa, świadczą o tym liczne fundacje dla młodzieży studiującej. Szczególną wartość miała fundacja z 1578 roku ks.