Każdy z trzech peronów ma po 2 niezależne wyjścia na powierzchnię (peron 1. i 3. na wysokości pawilonów, peron 2. na swoich końcach), istnieją też dwa przejścia podziemne w tym jedno nieczynne, łączące dawniej tylko perony zewnętrzne. Czynne łączy wszystkie perony Śródmieścia i Dworca Centralnego. Oprócz oddzielnych zespołów kas dla każdego kierunku, na dworcu zaprojektowano także cztery kioski gastronomiczne i przemysłowe, poczekalnie, zespoły sanitarne, pomieszczenia służbowe oraz bardzo rozbudowany zespół pomieszczeń technicznych. Na jednym z peronów zainstalowano automaty telefoniczneAgnieszka Kowalska, Warszawa nowoczesna - nieznane zdjęcia z lat 50. i 60., Gazeta Wyborcza, 26.02.2012.. Zaprojektowano schody ruchome prowadzące na dworzec, jednak ich nie zrealizowanoArseniusz Romanowicz, Zostaliśmy w cieniu, „Architektura”, nr 6, 2006.. Dworzec uzyskał odpowiednio izolowany i odwodniony strop przykryty warstwą ziemi, co umożliwia wegetację roślin. We wnętrzu dworca umieszczono 52 mozaiki sufitowe i 27 mozaik ściennych. Wszystkie z własną iluminacją. Ich głównym autorem był Wojciech Fangor, a wykonano je we włocławskich zakładach fajansowych. Kierunek zachodni oznaczono płytkami zielonymi i niebieskimi, a wschodni żółtymi, pomarańczowymi i czerwonymi.