Okupacja We wrześniu 1939 r., po wybuchu II wojny światowej, został zmobilizowany jako lekarz wojskowy, wziął udział w kampanii wrześniowej, a następnie dostał się do niewoli niemieckiej. W obozie jenieckim przebywał do 1942 r. Po zwolnieniu z obozu powrócił do Brześcia i pracował w szpitalu kolejowym. W 1943 r., przed zbliżającym się frontem, szpital został ewakuowany i przeniesiony do miejscowości Falkensee pod Berlinem. Tam sprawował opiekę medyczną nad robotnikami przymusowymi. Koniec wojny zastał go wraz z rodziną w Nauen w Niemczech.
Okres gorzowski (1945-1949) Natychmiast po zakończeniu wojny, w maju 1945 roku, Leon Andrejew wyruszył pieszo wraz z rodziną w kierunku Polski. Po drodze do Polski centralnej, gdzie miał rodzinę, został namówiony do pozostania w Gorzowie Wielkopolskim, gdzie nie istniała wtedy służba zdrowia. Od połowy maja 1945 roku, Leon Andrejew zorganizował w Gorzowie Wielkopolskim przychodnię lekarską pod egidą Polskiego Czerwonego Krzyża, punkt sanitarny na dworcu kolejowym oraz dom noclegowy. Współorganizował polską obsługę Szpitala Miejskiego Nr 1, gdzie pacjentami byli wtedy niemal wyłącznie Niemcy. Od czerwca 1945 prowadził ten szpital i leczył pacjentów wraz z jedynym pozostałym lekarzem Niemcem. W grudniu 1945 roku, po przybyciu innych lekarzy Polaków, został ordynatorem tego szpitala.