W 2016 roku Wóycicki, komentując w Programie III Polskiego Radia relacje polsko-ukraińskie i debatę wokół Ukrainy, określił księdza Tadeusza Isakowicza-Zaleskiego mianem „agenta wpływu” Rosji. Wypowiedź padła w kontekście krytyki, którą Wóycicki kierował pod adresem środowisk uznawanych przez niego za antyukraińskie oraz podatne na rosyjską propagandę. Ostatecznie Wóycicki przeprosił Isakowicza-Zaleskiego przed sądem w Warszawie. Według relacji mediów duchowny poinformował, że podpisał z Wóycickim ugodę sądową, przyjął pisemne przeprosiny i odstąpił od roszczeń finansowych.
12 czerwca 2026 roku wypowiedzi Wóycickiego w TVP Info zostały szeroko skrytykowane w mediach publicznych. Portal Do Rzeczy relacjonował, że Wóycicki stwierdził, iż „AK to jest UPA”, a w odpowiedzi na zarzut dotyczący mordowania kobiet i dzieci na Wołyniu powiedział: „Polacy też nabijali na widły”.