Temple of Shadows Nagrania do nowego albumu rozpoczęto w roku 2004 i zaproszono do tego wiele znanych postaci ze świata muzyki metalowej takich, jak Kai Hansen (Gamma Ray), Sabine Edelsbacher (Edenbridge) czy Hansi Kürsch (Blind Guardian) oraz legendę muzyki brazilijskiej – Miltona Nascimento. Temple of Shadows jest albumem koncepcyjnym opowiadającym historię człowieka nazywanego The Shadow Hunter. Duża liczba elementów progresywnych stawia ten album bliżej takich zespołów, jak Dream Theater czy Pain of Salvation. Album sprzedał się w pierwszym tygodniu w liczbie ponad 130.000 kopii, z czego 20.000 w samej Japonii.
Po nagraniu albumu zespół ruszył w trasę promocyjną, w czasie której zagrał koncerty między innymi w Hiszpanii, Włoszech, Francji, Anglii (supportowany przez DragonForce), Japonii (jako support dla Nightwish), Tajwanie oraz Australii.
Aurora Consurgens W 2006 roku muzycy ponownie weszli do studia i rozpoczęli pracę nad nowym albumem, który w założeniach miał być zbliżony do Rebirth, jednak ostateczny wzór albumu był ponownie bliski koncepcyjnemu, ponieważ opierał się w całości na temacie zaburzeń psychicznych, jak schizofrenia czy psychopatia.
Również w tym samym roku Fábio Laguna nagrał z udziałem Aquilesa Priestera (perkusja) i Felipe Andreoliego (bas) solowy, progresywny materiał zatytułowany Freakeys.