Od tego czasu stanowiły integralną część Węgier, tworząc jego północne komitaty (tzw. Górne Węgry, ). Północ kraju zamieszkana była przez ludność pochodzenia słowiańskiego, południe zaś stanowiło obszar intensywnej kolonizacji szlachty węgierskiej. Na przełomie XIII/XIV wieku, w okresie osłabienia władzy królewskiej, Słowacją rządzili suwerenni magnaci – zachodnią Słowacją rządził Mateusz Czak, władający 14 węgierskimi powiatami, wschodnią Słowacją rządził magnat Amadej Aba, a środkową István Ákos. Ich władzę ograniczył po długich walkach król Karol Robert. Wielkorządcą Górnych Węgier w okresie późnego średniowiecza był magnat polskiego pochodzenia, Ścibor ze Ściborzyc, w którego posiadaniu była połowa zachodniej Słowacji.
Słowacja w rękach Habsburgów thumb|Turecka forteca Nowe Zamki, 1685