Nacieki chłoniaka należy odróżnić od innych stanów, które atakują drób, w tym białaczki limfatycznej i siateczkowo-śródbłonka, jak również od zapalenia związanego ze zmianami przerostowymi zaatakowanej tkanki.
Kluczowe objawy kliniczne oraz cechy ogólne i mikroskopowe, które są najbardziej przydatne w różnicowaniu choroby Mareka od białaczki limfatycznej i siateczkowo-śródbłonkowej obejmują:
Wiek: choroba Mareka może dotknąć ptaki w każdym wieku, w tym poniżej 16 tygodnia życia; Objawy kliniczne: Częsty paraliż skrzydeł i nóg; Zapadalność: >5% w stadach nieszczepionych; Potencjalne powiększenie nerwu; Guzy międzypęcherzykowe w kaletce Fabrycjusza; zaangażowanie ośrodkowego układu nerwowego (OUN); Proliferacja limfoidalna w mieszkach skóry i piór; Pleomorficzne komórki limfoidalne w nerwach i nowotworach; Chłoniaki z komórek T.
W dodatku do ogólnej patologii i histologii inne zaawansowane procedury stosowane do ostatecznego rozpoznania choroby Mareka obejmują immunohistochemię do identyfikacji typu komórek i antygenów specyficznych dla wirusa, standardową i ilościową reakcję PCR do identyfikacji wirusa, izolację wirusa w celu potwierdzenia infekcji oraz serologię do potwierdzenia/wykluczenia infekcji.